Pilihan Raya Umum 2004 dirosakkan oleh beberapa percanggahan yang telah diakui oleh pihak berkuasa pilihan raya. Tan Sri Abdul Rashid Abdul Rahman, Pengerusi Suruhanjaya Pilihan Raya menyatakan: "Saya telah lama dalam bidang ini... perkara ini harus tidak berlaku sama sekali. Mesti adanya alasan-alasan mengapa ini terjadi." Beliau yang telah berkhidmat dalam Suruhanjaya Pilihan Raya untuk lima pilihan raya yang lalu menyatakan bahawa beliau sudi meletak jawatan jika laporan percanggahan membabitkannya.

Antara percanggahan-percanggahan yang terjadi termasuk kertas undi yang salah dicetak, pengundi berdaftar yang tidak dapat mengundi, serta percanggahan bilangan undi yang besar dalam pengiraan semula untuk beberapa kerusi.

Satu pemilihan semula diadakan untuk kerusi Sungai Lembing di Pahang yang diakibatkan oleh percetakan simbol parti pembangkang yang salah dalam kertas undi. Pengundi-pengundi yang buta huruf amat bergantung kepada simbol-simbol parti untuk mengundi kerana mereka tidak boleh membaca nama calon dalam kertas undi.